中區國稅局表示，營利事業領取政府機關補助款，除了有特別規定例如因疫情取得補助款，其餘補助營利事業應列為取得年度收入，並依《所得稅法》規定，計算營利事業所得額課稅，如果漏報補助款收入，恐遭國稅局補稅處罰。
國稅局說明，政府為達成各項政策目的，對營利事業符合條件者會核發企業補助款，有特別免稅規定除外。例如：政府因應新冠肺炎疫情，依《嚴重特殊傳染性肺炎防治以及紓困振興特別條例》第9條之1規定，以及《傳染病防治法》第53條規定，營利事業自政府領取的各項補貼、補助、津貼、獎勵及補償，免納所得稅，才屬於真正實質免稅。
或是其他課稅規定，例如：接受政府購建折舊性固定資產，或增置擴充設備的專案計畫補助獎勵所取得的補助款，才能按所購建固定資產或增置擴充設備計提折舊的耐用年數，分年平均認列收入。
除了特殊條件或規定外，其餘營利事業領的補助，申報時應列為取得年度的收入。
中區國稅局舉例，甲公司2020年度營利事業所得稅結算申報案時，發現2020年度除了因新冠疫情領取到行政院紓困薪資補助款976萬餘元外，還領取經濟部中小企業處的創新研發計畫補助款62萬6,000元，兩筆補助款均帳列其他收入。
不過甲公司辦理結算申報時，誤以為政府補助款均為免稅收入，將全部補助款以帳外調整減列，導致短漏報研發計畫補助款收入62萬6,000元，國稅局核定補徵稅款，並依《所得稅法》第110條規定裁處罰鍰。
北區國稅局補充，近來政府為推動國內文創產業發展，積極提供各項經費補助，曾有A製片公司誤以為得到文化部補助款160萬元，免納所得稅，未將此筆補助款在申報營所稅時列入，遭國稅局補徵32萬元外，並裁處罰鍰19萬元。
官員提醒，營利事業因符合政府獎勵項目而取得的補助款，並非免稅，提醒在收到此類補助款時，應如實登帳並在取得年度列報相關收入，以免遭補稅及處罰。
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